Орден францисканок у 1877 р. придбав земельну ділянку на вул. Курковій (Лисенка) у Львові, цього ж року було закладено наріжний камінь майбутнього храма. Костел був збудований у комплексі з жіночим монастирем сестер-францисканок Пресвятих Дарів, а засновницею і першою настоятелькою була сестра Марія від Хреста (Людвіка Моравська), яка для благополуччя святині вклала усю себе і яка наполегливо працювала над ідеєю будівництва у Львові храму і монастиря.
У травні 1877 р. через брак коштів сестра Марія поїхала до Відня, де була прийнята цісарем Францом Йосипом І. Там вона заручилася матеріальною підтримкою Марії-Терези — дружини брата цісаря Карла Людвіка і купила земельну ділянку під забудову костелу по вул. Курковій (Лисенка), площа якої становила 2 гектари 4 ари 34 м2, а сама площа будови 35 арів і 50 м2. Цей пагорб знаходився на віддалі від центру міста і в недалекому майбутньому отримав від львів’ян назву “Святої Гори”.
Проект костелу та монастиря францисканок у неороманському стилі безкоштовно виконав архітектор Юліан Захаревич. Керував будовою арх. Юзеф-Каетан Яновський. Кам’яні деталі проектував Леонард Марконі, столярні – виконували майстерні братіів Вчеляків та Францішека Тенеровича. 1880 року була закінчена будівля монастиря. Вівтарі та інше обладнання костела проектували Юліан Захаревич та Леонард Марконі.

Посвячення костела відбулося 1889 р.у присутності папського нунція, якому асистували львівські архієпископи трьох конфесій: о. Северин Моравський, о. Сильвестр Сембратович та о. Ісаак Ісакович. В грудні 1939 р. в костелі було розташовано архів, сестри францисканки перебували в монастирідо 1946 р. Потім в будинках була влаштована філія обласної клінічної лікарні. Від 1991 р. – Українська православна церква Київського патріархату Св. Іоана Хрестителя і Духовна академія.
Мати Марія від Хреста останні роки свого життя дуже хворіла. 23 січня 1906 р. Людвіка Моравська поїхала на лікування до Канн (Франція), але через три дні, в поїзді, біля м. Монте-Карло (Італія) помирає. 10 лютого Марію похоронили в підземеллі храму Святителя Іоана Золотоустого, у гробівці, що знаходився під вівтарем. На білій мармуровій плиті надгробку викарбували напис: “Тут спочиває в мирі з Господом Мати Марія від Хреста – засновниця і перша настоятелька францишканок П. Д. на польській землі. Померла 26 січня 1906 р. Бог мій і все!” Є свідчення нетлінності її блаженних останків. Через молитву до неї відбувались чудеса, у зв’язку з чим було розпочато процес беатифікації.