Хрестові походи не принесли щастя Європі. В далекій Палестині поліг цвіт лицарства, залишки військ, прочани принесли додому нові страждання – морові пошесті, від яких обезлюдніла значна частина Європи. У 1348-1375 рр. від чуми в містах Європи померло від ЗО до 70 міщан зі 100. Лише в Англії померло до мільйона громадян. Чума дійшла до Норвегії та Ісландії. Чи не єдиним краєм вільним у XIV ст. від епідемій була Русь. Здебільшого тут хоронились на межі ХІУ-ХУ ст. королі Польщі разом зі шляхтою. Перша згадка про львівський лепрозорій на Краківському передмісті датується 1404 р., хоча захворювання проказою поширились після 1441 р. Лепрозорій був закладений на землях міського шпиталю св. Духа. Біля шпиталю 1460 р. вимурували каплицю. Заклад в значній мірі утримувався за рахунок добровільних пожертвувань міщан, котрі відписували своє майно. На одній з дарчих дочки міщанина від 27 вересня 1495 р. вперше згадано посвяту каплиці – св. Станіслава. 1591 р. Михайло Малечковський офірував шпиталеві значну земельну ділянку на “Софіївці”. Під час облоги міста 1509 р. молдавським господарем Богданом III біля костелу розміщувались бомбарди нападників, за допомогою котрих намагались пробити пробоїни у Високому мурі. Тоді ж шпиталь згорів разом з Краківським передмістям, спаленим відступаючими нападниками. Костел відбудували на кошти вірменина Івана Кохно біля 1511 р. У ті часи споруди шпиталю потерпали не тільки від пожеж, але й від повеней. Недалеко монастиря проходив важливий шлях на Краків. Через навколишні мочарі та болота шлях йшов по насипній дамбі. В час сильних злив бурхлива тоді Полтва забивала проходи у дамбі різним сміттям, котре приносило течією, і прибуваюча вода розливалась по околи¬цях, затоплюючи нижчі ділянки Середмістя. У 1514 р. повінь була настільки сильною, що до костелу, як на острів, необхідно було плисти на човні. Крій міщан приділяли увагу шпиталеві і сильні світу цього. Так Зиґмунд І Старий 9 жовтня 1518 р. зобов’язав млин з Солонки поставляти в шпиталь муку, а Володислав IV 24 жовтня 1637 р. звільнив його від податей.
Богослужіння в костелі проводив один з каноніків капітули латинського собору. З 1514 р. це відбувалось на основі укладеної поміж капітулою і магістратом домовленості про шпиталі, школу та інші фундації. 1534 р. при костелі було утворено окрему костельну препозитуру. До обов’язків отця препозита входило провадити богослужіння для хворих. До XVII ст. патронат над костелом виконувала громада міста. У 1600-х роках почались постійні суперечки міста з духовними особами за майнові права міських костелів, шпиталів, право патронату над ними. З 1642 р. за архієпископа Станіслава Гроховського право патронату над шпиталем перейшло до каноніків львівської капітули, яке належало їм до 1784 року. Та біг часу невблаганний. Коли споруджувався новий шпиталь св. Лазаря, старий св. Станіслава вважався застарілим, таким, що не відповідає тодішнім вимогам медичної допомоги в першу чергу через стан будівель. На той час шпиталь складався з 6 будівель: великого лікарняного корпусу, будинків обслуг, моргу для померлих від прокази. Біля шпиталю існував міський інфекційний цвинтар. Наприкінці XVIII ст. шпиталь закрили. Костел св. Станіслава, названий сучасниками шедевром, повним симетрії і грації, мав шанс дійти до наших днів. Під час церковної реформи австрійського уряду костел спочатку планували передати греко-като-лицькій громаді Львова для парафіяльної церкви, але через різкий протест католицького духовенства 1793 р. будівлю храму просто виставили на аукціон. Храм купили за 988 злотих і розібрали на будівельні матеріали разом із спорудами монастиря, проданими 1794 р. Про храм нагадують сьогодні хіба що його ступінчасті готичні фронтони на панорамах міста А. Гогенберга та Ф. Пернойера.