На відміну від церков Підзамча, заснованих ще у княжі часи, монастир Івана Богослова заклали досить пізно. 1640 р. львівський міщанин Симеон Онуфрієвич Содома записав свій фільварок біля давньої Замкової вулиці під будівництво монастиря, котрий досить швидко завершили. Та вже 1648 р. під час першої козацької облоги Львова монастир був понищений татарами, ігумен Варлаам Поршаницький загинув, а вдова фундатора Тетяна Содома потрапила до татарського полону. Ченцю монастиря о. Паісію вдалось врятувати церковне начиння. Пізніше він зумів відновити монастир, котрий 1649 р. освятив єпископ Арсеній Желіборський, одночасно підтвердивши права братства, заснованого за рік до цього. На початку 1670-х рр. монахи почали збирати кошти на оновлення монастиря. За коштами 1673 р. ігумен Йосиф Творинський з двома міщанами їздив за милостинею навіть до царя у Москву. Стару дерев’яну церкву розібрали 1679 р. Вона поступилась місцем новій, мурованій здебільшого з тесаного каміння. Церква мала план хреста, в центрі під панікадилом стояв кам’яний дияконський амвон. В церкві були дві бічні каплиці з вівтарями, де знаходилась давня ікона Богородиці у правому і св. Іллі у лівому вівтарях. Інша давня ікона Богородиці містилась у великому вівтарі, справа від якого стояв вівтар Івана Богослова. Лівий вівтар належав молодшому братству. Під стінами стояли лави для значніших осіб, а перед бічними вівтарями хори для співаків. Іконостас був столярської і сницарської роботи, золочений, “грубо мальований”. Понад бабинцем розташовувалась каплиця свв. Антонія і Теодозія Печерських, над котрою розміщувалась дзвіниця. Під каплицями були склепи для поховань. На північ від церкви стояв монастир, зведений з дерева. Монастир стояв у тіні Замкової гори, через що у його приміщеннях панував вічний холод, особливо докучливий зимою. Церква і монастир були криті гонтою. Біля монастиря був цвинтар. Монастир оточували муровані стіни, обсаджені зовні липами і буками.
Член Ставропігійського братства, львівський міщанин, подільський чашник Костянтин Папара 1736 р. дарував монастиреві свій фільварок, званий Папарівкою, що знизу примикав до території монастиря. В кінці XVIII століття на монастирських землях існував бровар Кисельків. Монастир і церкву закрили 1802 р. Через сім років церква була продана на каміння, з яких біля синагоги звели два будинки. На згадку про церкву змурували капличку з погруддям Івана Богослова, котра понищена ще стояла на початку XX ст. її відновили з фігурою Богоматері 1992 р. Фільварок “Папарівка” перетворили на початку XIX ст. на міський цвинтар. Але 1856 р. в зв’язку з прокладенням залізничної колії цвинтар закрили, частину поховань перенесли на Личаківський цвинтар, а на їх місті звели залізничний вокзал Підзамче. Залишки надгробних пам’ятників ще лежали на давньому цвинтарі на початку XX ст., серед котрих найстаріший походив з 1795 р.