Медичний університет довгий час був частиною Львівського університету імені Івана Франка, який було засновано 1661 року.
Повноцінний медичний факультет було засновано тільки в 1784 році, після відновлення роботи університету указом австрійського імператора Йосифа ІІ. Саме із цих подій витікає історія Львівського національного медичного університету імені Данила Галицького.
У 1805 році Львівський університет переведено частково до Кракова, а у Львові залишився діяти ліцей з трьома відділами. У 1817 році, на прохання громадян, уряд знову перетворив ліцей в Університет, проте вже без медичного факультету.
Громада міста дуже довго добивалась у влади відкриття «лікарського виділу» при Львівському університеті. Цей процес тривав десятиліттями.У 1870 році одностайно виступали з такими пропозиціями Крайова рада здоров’я, Товариство лікарів, ректор і Рада університету та крайовий уряд. Але Галичина, як Коронний край, включала Краків з Яґелонським університетом, тому відкриття другого медичного факультету заперечували.
З початком 1880 – х років про відновлення лікарського виділу активно почали говорити в пресі. Окрім самого факту повторного відкриття факультету, українці Галичини наполягали, щоб права русинів «при відкриттю виділу лікарського були розглянуті в спосіб, що відповідає засадам рівноправності та достоїнству народу руського і його значенню в краю і державі».
У 1891 році було створено комісію для докладного розгляду питання про створення медичного факультету у львівському університеті, про створення детальної програми нового виділу. До складу комісії увійшли професори та лікарі краківського університету. Представником львівського університету став проф. д-р Броніслав Радзишевський. Головою даної комісії був віце-президент крайової ради шкільної д-р Міхал Бобжинській.
4 квітня 1891 року було прийнято рішення про відкриття факультету медичного при Львівському університеті.Ректор університету д-р Балясиц на урочистому віджкритті навчального року 1891/1892 рр., назвав це ріщенняоднією з чотирьох«важливих подій для університету львівського».
У 1894 році було відновлено медичний факультет у львівському університеті, вписи на який проводив деканат філософського виділу, якому міністерство доручило вести справи новоутвореного факультету. На новий виділ медичний записалось 82 слухачі.