Перший монастир Ордену Братів Менших Капуцинів у Львові було засновано ще у 1709 році. У той же час (1709-1730 рр.) вони будують на Личакові костел Непорочного Зачаття Діви Марії (тепер церква Адвентистів сьомого дня на вул. Короленка).
Але згідно з Йосифінською касатою, у 1785-му році, австрійська влада, у числі багатьох інших святинь, закриває і львівський монастир капуцинів, а ченців змушує покинути Львів.
Лише наприкінці ХІХ ст., капуцини задумали повернутися до Львова. Основним ініціатором повернення виступив настоятель костелу святого Мартина (розташованого в районі Підзамче) отець Едуард Подольський. Крім нього, прибічниками такої ідеї також стали єпископ-помічник Юзеф Вебер та настоятелька монастиря францисканок Марія Моравська.
За первинною ідеєю планувалося передати в користування ченців костел святого Войцеха на Знесінні, проте з коїсь причини цю ідею так і не змогли втілити у життя. Провалився і задум щодо спорудження нового храму по вулиці Зеленій. Тоді за стараннями львівського римо-католицького архиєпископа Юзефа Більчевського, капуцинам було запропоновано оселитися в одному з великих підльвівських сіл Замарстинові, де з метою спорудження нового кляштору радою замарстинівської гміни їм і було подаровано ділянку землі площею у півтора морги, яка на ділі виявилася далеко не найвищої якості, так як вирізнялася значною заболоченістю.
Так у 1904 році гвардіаном Рудольфом Фіцовським було освячено наріжний камінь під зведення келій, а першим дефінтором Брониславом Степеком — під храм. Того ж року за проектом архітектора Зигмунта Крикевича, на кошти капуцинської провінції, монахи зводять першу дерев’яну однонавну каплицю, яку урочисто освячують під титулом свого небесного заступника, дуже шанованого у католицькій церкві святого Франциска Ассизького. А наступного року завершили спорудження невеликого шестиосьового глинобитного будиночка, який слугував цій чернечій спільноті у якості монастирських келій.
І лише в 1909 р. почалися розмови про будівництво мурованого храму, а з 1910 року розпочинається проведення збору коштів на побудову нової святині. На будівництво святині складали багато пожертв. Серед великих жертводавців були: магістрат Львова, Львівська митрополича курія, Галицька ощадна каса, фабрики “Tlen”, “Nowosc” та й прості жителі Замарстинова теж докладалися до пожертв.
Але, попри все, зібраних коштів катастрофічно не вистачало, а ще далися у взнаки і фінансові труднощі самого ордену, і заболоченість місцевості на якій мав постати мурований храм. Тож його зведення постійно відкладалося.
На початку 1920-х років для розробки проекту костелу св. Франциска Ассизького запросили відомого архітектора, реставратора, засновника Товариства нагляду над пам’ятками мистецтв і культури у Львові, професора Львівської політехніки – Яна Сас Зубжицького. Свою роботу над проектом храму він завершує у 1921 році. У своїй праці архітектор оригінально поєднав бароко, готику, маньєризм, польський ренесанс часів короля Зигмунта ІІ Августа та ще багато елементів інших стилів, внаслідок чого розробив унікальний храм. Але проект Зубжицького припав до душі не всім братам цього ордену. Причини були різними. Частина отців вважала вище згадані архітектурні стилі застарілими і уже більше не актуальними, тому бажала звести храм у модному тоді стилі функціоналізму. Проте авторитет архітектора теж важив не мало, і розроблений ним проект (хоча за вимогою капуцинів і в дещо зміненому вигляді) все ж таки було офіційно затверджено.
Розпочинається підготовка до нових будівельних робіт, для чого у 1924 році утворюють спеціальний комітет, очолює який президент Замарстинівської гміни Мартин Войнарович. А у 1925 році, із закладки фундаменту та освячення наріжного каменя, яке відбулося 19 липня, нарешті розпочинаються довгоочікувані роботи по зведенню мурованого костелу.
У 1927 році, за проектом того ж самого Яна Сас-Зубжицького, з південного боку костелу починають прибудовувати монастирські келії. Все ще не задоволені проектом, капуцини попросили внести свої корективи і сюди, що і зробив керівник будівельних робіт Франциск Квецінський (після смерті якого у 1929 році будівельні роботи продовжує уже Станіслав Кондера).
Будівництво костелу завершили у 1930 році. 5 листопада Львівський латинський архиєпископ Болеслав Твардовський освятив новозбудований храм під тим же титулом костелу святого Франциска Ассизького. Після освячення святині, у головному вівтарі храму було урочисто розміщено ікону цього великого святого.
Щодо самого вівтаря, то первинно його проект був також розроблений Яном Зубжицьким, проте так і не втілений у життя. Натомість тут було встановлено одноярусний необароковий вівтар, виготовлений із темного дерева майстром Яном Войтовичем.
У костелі було також три дзвони, створені львівською фірмою Рудольфа Матейсера: Александер, Чеслав і Юзеф. Освячечені вони були на Зелені Свята того ж самого 1930-го року.
Збудований храм із цегли та каменю, тинькований лише із середини. Складався з трьох нав. З північної сторони до нього було добудовано каплицю св. Антонія, покриту банею з ліхтарем. Тепер тут розміщена захристія храму свщмч. Йосафата (катехитичний зал був добудований вже у теперішні часи). До північно-західного наріжника фасаду примикала восьмигранна невисока вежа із гвинтовими сходами, що вели на хори. Головний фасад прикрашали монументальні фігури святих та пілястри.
У 1932-1933 рр. на північний-схід від храму, за проектом ще одного дуже відомого тоді архітектора Вавжинця Дайчака, було зведено також і парафіяльний будинок. Так збулася давня мрія капуцинів, адже дана споруда була врешті збудована у такому їм бажаному стилі функціоналізму. У цьому будинку парох капуцинів відкрив бібліотеку, створив позичкову касу та організував аматорський театр.
У 1939 році нова влада конфісковує парафіяльний будинок капуцинів, і перетворює його на притулок для біженців та постраждалих у наслідок військових дій. А з 1940 по 1941 рік, його уже починають використовувати як гуртожиток для учнів школи садівників. У 1941-1944 рр. при монастирі працювала кухня для убогих. 1943 році німці конфісковують уже згадані монастирські дзвони.
Навесні 1946 року радянська влада таки ліквідувала монастир капуцинів на Замарстинові. Монахи змушені покинути храм та монастир назавжди. У святині влаштували фільмосховище, а сам монастир перетворили на житловий будинок. Головний вхід до монастиря був перетворений на вікно. Колишній дім парохії добре зберігся, але так і не був потинькований. Останніми роками тут знаходився філіал Центральної міської бібліотеки ім. Лесі Українки.
З виходом УГКЦ з підпілля повернути святиню і розбудувати громаду були покликані отці-редемптористи. На свято Покрови 1990 року розпочалося відновлення занедбаної за роки радянської влади святині та почалась історія греко-католицької парохії свщмч. Йосафата у Львові.
Отці провели значні роботи з упорядження храму. Зокрема, у його середині. Так було встановлено іконостас, та виконано нові розписи, автором яких був професор Любомир Медвідь.
У церкві зберігаються декілька святинь, які означують храм св. Йосафата як один з центрів сучасного паломництва в УГКЦ.
Після проголошення у 2001 році блаженним єпископа Миколая Чарнецького, у 2002 році монахи редемптористи забирають мощі цього свого великого співбрата із Личаківського кладовища (де він тоді був похований) та з усіма почестями переносять їх до свого храму, де зберігаючись до сьогоднішнього дня.
У лівій наві храму є ікона Матері Божої Неустанної Помочі, яку ще називають «Прострілена». Вона має дуже цікаву історію. На початку війни, восени 1939 року, до цього храму зайшов радянський військовий і, відчувши злість, вистрелив в образ. Куля пробила дошку, але ликів не пошкодила. День був тихий, не було ні боїв, ні пострілів. Однак коли військовик, повертаючись, приготувався перестрибнути рів чи потічок, його наздогнала куля, і він упав без духу. Хто вистрелив – залишилося таємницею…
Після закриття монастиря один з братів забрав ікону із собою. Зберігав її у власній квартирі на пл. Возз’єднання аж до відновлення обителі. Після чого брати-редемптористи розмістили ікону в коридорі монастиря св. Альфонса на Голоско. 7 квітня 2009 року, у день свята Благовіщення, ікону було перенесено до храму свщмч. Йосафата.
У 2008 році, з нагоди проведення Місії у церкві свщмч. Йосафата було посвячено три нові дзвони – Андрій, Гавриїл і Йосафат.